Обратной стороной циклопических размеров советских Вооруженных сил стала их слабая выучка. Практика привлечения солдат к хозяйственным работам возникла не в современной России, она уходит корнями еще во времена СССР. В боевых действиях в Афганистане участвовала лишь небольшая часть Советской армии, основная же масса советских военнослужащих — это солдаты и офицеры долгого мирного периода. Кроме того, отслужив срочную службу, даже получивший боевой опыт солдат уходил в запас вместе со всеми приобретенными навыками (если он их, конечно, приобретал). На практике это привело к тому, что реальная выучка бойцов в конфликтах 90-х годов оказывалась слабой, и даже профессиональный уровень, казалось бы, заслуженных офицеров мог оказаться удручающим.
Как бы то ни было, вторая половина 80-х годов прошла под знаком грандиозных перемен и потрясений.
Первые сполохи начинающейся грозы относятся уже ко второй половине 80-х годов. Так или иначе, национальные движения на советской периферии неизбежно ставили советскую администрацию перед новым вызовом. Однако реформаторские усилия Горбачева привели к тому, что националисты начали массово выходить из подполья почти одновременно по всему государству. В 1985–1988 годах возникло множество националистических кружков и движений на всем пространстве от Средней Азии до Прибалтики. Один-два подобных кризиса Советский Союз еще мог пережить, но в конце 80-х от новых движений рябило в глазах. Чаще всего их идеологической основой становились приверженность демократии (по крайней мере, на уровне риторики) и местный национализм (почти всегда — в весьма жесткой форме). В течение всего нескольких лет столкновения на национальной почве происходят в Казахстане, Якутии, на Кавказе. Начался парад суверенитетов: национальные автономии массово старались повысить свой статус в рамках СССР или просто отделиться от Советского Союза. Первыми из союзных республик, покинувших состав Союза, так опрометчиво названного нерушимым, стали Литва и Латвия.
Как и почти повсеместно, в Литве в конце 80-х годов появились и начали быстро набирать силу движения, основанные на идеях либерализации политической жизни и местного национализма. Наиболее мощным и многочисленным из подобных организаций стал «Саюдис» (лит. «Движение»). Он появился в 1988 году в качестве «Литовского движения за перестройку», и основали его — опять-таки полностью в русле остального Советского Союза — представители местной интеллигенции, главным образом гуманитарной. Движение зародилось на базе литовской Академии наук. «Саюдис» первоначально провозглашал вполне мирную программу, выступал за демократизацию республики, защиту окружающей среды и тому подобные общеполезные начинания. Однако программа реформаторов становилась чем дальше, тем более радикальной. Уже с 1989 года речь шла о независимости республики.
По словам участников движения, первое время активисты испытывали страх перед спецслужбами. Однако все опасения были напрасны: местная коммунистическая элита неявно симпатизировала «Саюдису», и хотя внутри движения работало множество сексотов, власти смотрели на деятельность группы сквозь пальцы.
Национал-популистские движения в любом случае выглядели выигрышно на фоне полностью утративших инициативу и не способных говорить с людьми на их языке функционеров старого режима. Подобные движения в конце 80-х и начале 90-х были попросту обречены на популярность, даже самые карнавальные из них вроде ЛДПР. Тем более могли рассчитывать на успех движения, готовые действительно бороться за власть и вести республику к будущему, каким бы оно ни было. Литва, разумеется, не стала исключением. В начале 1990 года прошли выборы в Верховный Совет Литвы, на которых представители «Саюдиса» получили большинство. И уже 11 марта 1990 года Верховный Совет нового образца принял декларацию о восстановлении независимости республики. Нужно отдать должное энергии новых лидеров республики: новое правительство во главе с Казимирой Прунскене (одна из основательниц движения «Саюдис», как это часто бывало — из академических кругов) быстро приступило к формированию собственных государственных и даже силовых структур параллельно советским. 25 апреля был создан Департамент охраны края — военизированная структура, подчиняющаяся литовскому правительству. При этом КГБ, МВД и подразделения Советской армии никуда не девались, но не предпринимали никаких мер. Альгирдас Бразаускас, первый секретарь ЦК Компартии Литвы, идеи литовской сецессии поддерживал. Словом, у Советского Союза просто не осталось в Литве опоры: идеи независимости поддерживали все активные деятели местной политики, включая Коммунистическую партию. Съезд народных депутатов СССР вяло протестовал, но дальше деклараций дело первое время не шло. В течение 1990 года центральное правительство решилось на довольно своеобразные меры: попыталось устроить Литве экономическую блокаду. Прекратились поставки сырья на местные предприятия, что быстро вызвало падение уровня жизни. 8 января начался митинг перед зданием Верховного Совета Литвы. Манифестанты требовали отставки литовского правительства и отмены решения о повышении цен. Прунскене ушла в отставку.
Горбачев искренне пытался не доводить дело до греха и найти некий взаимоприемлемый компромисс. Однако он разрывался между радикалами, требовавшими полного и немедленного отделения Литвы, и сторонниками жесткой линии в Москве, советовавшими применить силу. Без особого энтузиазма генсек заявил, что «если возникнет серьезная угроза, определенные шаги станут необходимыми». Вскоре, когда стало ясно, что «серьезная угроза» уже реализовалась, «определенные шаги» были сделаны. С осени 1990 года военные и КГБ готовились действовать.