Однако новым правителем Азербайджана стал не Гусейнов. На первые роли в местной политике вышел Гейдар Алиев, ранее — глава Нахичевани (изолированной азербайджанской области, которая имела сообщение с остальной территорией страны только через Иран), а позже — глава парламента. После серии интриг и переговоров за закрытыми дверями Эльчибей был отправлен в отставку, Алиев назначен Национальным собранием и.о. президента, а позднее избран президентом Азербайджана.
Став национальным лидером, Алиев тут же расформировал 33 добровольческих батальона. С одной стороны, добробаты состояли преимущественно из сторонников оппозиции, так что режим личной власти Алиева укрепился, с другой — войска на фронте оказались серьезно ослаблены. Алиев последовательно подавлял любую оппозицию — и возглавлял Азербайджан до самой своей смерти. Правда, вскоре ему пришлось бороться с самопровозглашенной Талыш-Муганской республикой, опиравшейся на взбунтовавшиеся воинские части. Словом, внутренняя политика оказалась для нового властителя Азербайджана даже более серьезным вызовом, чем война с армянами Карабаха.
На фронте установилось шаткое равновесие. По совокупности военных и политических проблем Азербайджан утратил инициативу и не сумел завершить войну своей победой. Однако на армянской стороне тоже начали испытывать серьезную усталость от войны. Подъем азербайджанских войск из нокдауна и их нежданное контрнаступление нанесли тяжелые потери. Помощь Карабаху активно оказывала «большая» Армения. Официально Армения и Азербайджан не находились в состоянии войны, однако армянские солдаты и офицеры массово уходили добровольцами в отряды Карабаха, что Ереван, разумеется негласно, только приветствовал.
Хотя армии обеих сторон постепенно приобретали облик регулярных войск, дух партизанщины по-прежнему витал над полями сражений. Армянские волонтеры, например, могли отказаться копать окопы потому, что это «недостойно мужчин». Российский доброволец рассказывал, как одну из таких групп вразумил первый же артобстрел, после чего землю начали рыть даже ножами, которыми эти молодые добровольцы собирались резать головы врагам. Зато командиры армянских отрядов не стеснялись лично ходить в атаки. Другой волонтер приводит характерную историю:
...«…На следующий день азербайджанцы обратились к нам с предложением обменять тела троих убитых. За каждого нашего покойника они запросили пятнадцать своих трупов. Чтобы добыть такое количество… нам пришлось напасть на азербайджанский стройбат, который в восьми километрах от нас оборудовал позицию для гаубичного дивизиона. В этой акции кроме нас участвовали сам Аво, его начальники штаба и артиллерии, начальник артиллерии сил самообороны Карабаха…»
Наиболее кровопролитным периодом войны стала зима 1993/1994 годов. Обе стороны отмобилизовали силы, использовали все доступные возможности для накачки войск на фронте подкреплениями и действовали многочисленными, вооруженными до зубов армиями. Война велась на морозе, среди гор. Типичным тактическим приемом стал вызов лавины на голову противника путем обстрела снежных шапок. Солдаты воевали в скверных условиях, армии несли тяжелейшие потери — обмороженными и заболевшими. Число беженцев умножалось с каждым днем, по дорогам тянулись печальные колонны тракторов, легковушек, скота и людей. Армяне продвигались вперед, однако каждый перенос рубежей давался с трудом и большими потерями. Азербайджан содрогался от внутренних конфликтов и также не мог продолжать войну. Зима ознаменовала тупик: обе стороны использовали все имеющиеся силы и средства, понесли тяжелейшие потери — и добились лишь минимального успеха.
В 1994 году в разрешении конфликта начала активно участвовать Россия. Благодаря сохранившимся неформальным связям между российскими и закавказскими политиками Москва смогла выступить роли посредника в переговорах о прекращении огня. Для России было важно сохранить свое влияние в регионе, что было возможно только при достижении некоего баланса сил. 12 мая 1994 года вооруженное противостояние официально завершилось.
Но фактически стрельба так и не прекратилась. Спорадические стычки продолжались после официального прекращения огня годами. Наконец — как и в других местах бывшего СССР — Нагорно-Карабахская Республика так и осталась непризнанной республикой. Азербайджан, разумеется, также не отказался от своих претензий. Война застопорилась, но не прекратилась.
Бои продолжались все 90-е годы. На фронте действовали диверсионные группы, обстрелы при помощи стрелкового оружия стали частью повседневной жизни. Уже в наше время в Карабахе произошло очередное обострение обстановки, и в результате длившихся несколько дней боев погибли десятки солдат с обеих сторон.
В Армении выходцы из Карабаха стали влиятельной политической группировкой. Два президента этой страны — жители Арцаха, как называют регион в Армении. Роберт Кочарян стал президентом Армении в 1998 году, а сменивший его Серж Саргсян возглавляет страну до сих пор. С 1998 года по сей день Арменией правят карабахцы.
В боях за Карабах приняло участие множество солдат и офицеров Советской армии, часто — не армян и не азербайджанцев по национальности. После крушения государства в пустеющих военных городках осталось большое количество военных профессионалов. В России их никто не ждал, а в горячей точке навыки обращения с оружием могли пригодиться. Иные обнаружили в себе авантюрную жилку и присоединились — кто за деньги, кто по убеждениям — к одной из воюющих сторон. В Карабахе воевали, судя по всему, несколько сот волонтеров-славян. Часто им приходилось разглядывать друг друга через прицел, а иногда в горах разыгрывались поистине шекспировские драмы. Один из солдат, воюющих на армянской стороне, рассказывал: