Наконец, нельзя сбрасывать со счетов клановое устройство таджикского общества. Региональные кланы формировались подспудно, и после того, как советские властные структуры сошли со сцены, эти группировки стали определять ход событий в стране. Под крылом советской власти республикой фактически управлял Ходжентский клан, представлявший наиболее промышленно развитые области. Однако в республике имелось много желающих оспорить монополию ходжентцев.
Можно с уверенностью говорить, что даже если бы СССР удержался от распада, Таджикистан не миновали бы потрясения. Слишком много разнообразных проблем накопилось в республике. С разных сторон к ней подкрадывались экономическая, социальная, экологическая катастрофы. В 1990 году началась детонация давно ждавших своего часа мин.
В 1990 году в Таджикистане своеобразным эхом отозвался конфликт из-за Карабаха. В республику, спасаясь от беспорядков и погромов, бежали азербайджанские армяне. Беглецов было немного, всего около сорока семей. Однако слухи распространялись со скоростью лесного пожара. Уверяли, что в Таджикистан едут тысячи армян, которым выделят квартиры в новых домах Душанбе в ущерб таджикам. 11 февраля перед зданием ЦК Компартии Таджикистана собралась толпа. Многие в ее рядах не были душанбинцами, они приехали в город из соседних кишлаков. Собравшимся объявили, что в течение 24 часов им дадут объяснения по поводу беженцев.
Однако в назначенный срок первый секретарь ЦК Компартии Таджикистана Кахар Макхамов на площадь не вышел. Начались стихийные драки с милицией. Если 11 февраля демонстранты кричали «Долой армян!», то на следующий день — уже «Долой Макхамова!». Милиционеры попытались утихомирить толпу стрельбой холостыми, но только раззадорили ее. Толпа растекалась по Душанбе, грабя, насилуя и убивая. Начались поджоги. Из кишлаков в Душанбе прибывали все новые и новые погромщики. Милиционеры пытались вести огонь уже боевыми, но дезорганизованные стражи порядка уже не могли сдержать стихию.
Впрочем, стихия была на удивление неплохо организована. Часть погромщиков просто носилась по городу и бесчинствовала. Однако другие преступники действовали четко и явно подчинялись чьим-то указаниям, скорее всего, распоряжениям местных преступных боссов. По неким смутным данным, оружие — заточки и арматура — было приготовлено заранее.
В Душанбе складывались отряды самообороны, защищавшие подъезды и даже целые микрорайоны. Бойцами таких отрядов были обычные люди, и многим из них пришлось пережить жуткие часы в обезумевшем городе. Шестнадцатилетний юноша, защищавшийся от погромщиков, позднее рассказывал:
...«Некие озверевшие уродцы пытались забить нас камнями — всю нашу семью, мирно ехавшую по своим делам. Моего деда — учителя, свободно говорившего на фарси и узбекском, эти дебилы чуть не забили до смерти. Старика в 80 лет. Грибы пошел собирать весной 1990 в местности, где раньше работал учителем. Потому что русский — а он чуваш вообще-то… Не забили нас насмерть не по своей сердобольности, а благодаря паре арматурин, топора и небольшого тесака. Я потом 2 года не смеялся. Совсем. У меня топор был».
Пока по городу катились волны погромов, на площади шел митинг под политическими лозунгами. Эти люди создали некий «Народный комитет», неясно кого представлявший. На следующий день, 13 февраля, в Душанбе вошли части Советской армии. Они имели тяжелое оружие и приказ по необходимости применять его. Погромы некоторое время продолжались, но быстро пошли на спад. Под давлением «народных представителей» Макхамов ушел в отставку.
В Душанбе, по официальным сведениям, погибли 25 гражданских, включая 16 таджиков, пятерых русских, двоих узбеков, татарина и азербайджанца. Ранения и травмы получили 589 обывателей и погромщиков и 239 силовиков.
Необходимо отметить, что в дальнейшем в Таджикистане однозначно рассматривали случившееся как трагедию. Поднимать буйство толпы на щит в качестве патриотического акта в Душанбе не стали.
Однако кошмарные события в республике только начинались.
24 августа 1990 года Таджикистан принял декларацию о суверенитете. В сентябре 1991 года республика Таджикистан провозгласила независимость и вышла из состава СССР. Местные политические движения, ранее сидевшие в подполье, получили возможность легально бороться за власть. 2 декабря 1991 года присягу принял Рахмон Набиев, первый президент независимого Таджикистана. Набиев выглядел настоящим реликтом советской эпохи. Опытный аппаратчик, он с 60-х годов делал карьеру в партийных структурах и несколько лет пробыл первым секретарем ЦК компартии Таджикистана. Для новых же условий была важна в первую очередь его принадлежность к ходжентскому клану. Второе место — хотя и с большим отрывом — на выборах президента занял представитель памирского этнорегионального клана, представлявшего восточные горные районы, — Давлат Худойназаров.
Поначалу казалось, что есть шанс на относительно цивилизованную передачу власти. Набиев принадлежал к старой советской элите, но договорился с оппозицией об использовании мирных методов политической борьбы. Однако быстро выяснилось, что это иллюзия. Как Набиев искал способ разгромить оппозицию, так и многие оппозиционеры стояли на крайних позициях и планировали так или иначе удалить от власти действующее правительство. Частично это были националисты, частично — религиозные радикалы. Более того, многие кланы просто проигнорировали выборы и намеревались получить свое другими способами.