Под религиозными и политическими лозунгами в первую очередь скрывалась именно борьба кланов, разделенных по территориальному принципу. Политические разногласия стремительно теряли значение, когда заходила речь об интересах землячеств. Представители разных кланов бранили друг друга прямо на заседаниях Верховного Совета, иногда выяснение отношений транслировалось по ТВ. После особенно зажигательного выступления местного политика, оскорбившего памирцев, на площади Шохидон в Душанбе собралась толпа, преимущественно состоявшая из горцев. Люди требовали роспуска Верховного Совета республики и новых выборов, прекращения давления на оппозицию. Вскоре к ним присоединились представители других кланов, главным образом каратегинцы (гармцы). Митинг не расходился, причем каждый день на площадь прибывали новые люди. 4 апреля перед резиденцией Набиева собралось сразу 50 тысяч человек. Их лозунги представляли собой причудливую смесь демократических и религиозных воззваний. Набиев пытался исправить положение двумя способами. С одной стороны, на площади Озоди собрался уже проправительственный «антимайдан», что интересно, главным образом состоявший из людей юго-западного Кулябского клана, с другой — Набиев попытался лавировать между распаленными союзниками и противниками. Сперва он попытался отделаться от оппозиции туманными обещаниями, потребовав прекращения митинга в качестве непременного условия реформ. Однако стороны не верили друг другу ни на грош. Оппозиционеры полагали — и были совершенно правы, — что их просто задавят силой, если правителя не удастся дожать. Маневры Набиева выглядели все более неуклюжими. Он то пытался убедить непопулярного председателя парламента Кенджаева уйти в отставку (тот категорически отказался), то вообще ссылался на волю Аллаха для подкрепления своего авторитета. Однако насчет воли Аллаха оппозиция имела свое представление. Митингующие сформировали отряды, взяли приступом парламент и захватили заложников — депутатов и вице-премьеров. После этого события начали разворачиваться быстро. Набиев все-таки отправил в отставку Кенджаева, тут же назначив его на другой пост, и приказал выдать участникам проправительственного митинга две тысячи автоматов. Фантасмагорическую картину митингов в Душанбе органично дополняла третья манифестация — в ней участвовали молодые люди из местных преступных группировок.
5 мая Набиев попытался разрубить все гордиевы узлы разом. Президент объявил чрезвычайное положение, ввел комендантский час и принялся разгонять пикеты оппозиции силами личной гвардии. Оппозиция, в полном соответствии с заветами революционеров прошлого, захватила аэропорт, вокзал и президентскую резиденцию. В городе начались настоящие уличные бои. Местный житель рассказывал:
...«Перестрелка происходила на наших глазах и смотрелась довольно-таки драматично. Несколько человек, укрывшись за железнодорожной насыпью, из автоматов стреляли в сторону кишлака. Потом прогремело два взрыва — они бросили взрывпакеты. Боясь, что из-за насыпи последуют ответные очереди и пули полетят в нашу сторону, мы попрятались за гаражами, стоящими в нашем дворе. По дороге мимо нас несколько раз туда и обратно проехала “Волга”, из которой торчал ствол охотничьего ружья. Как потом оказалось, это и был водитель Кенджаева, беспокоившийся о своей семье. Когда выстрелы закончились, обуреваемые любопытством, мы подошли к железнодорожному переезду, у которого все это происходило. Там стояла группа вооруженных памирских парней. Один из подошедших боевиков за ремень тащил автомат, приклад которого волочился по земле. Когда мы спросили у них, из-за чего стрельба, то в ответ услышали пересыпанное руганью: “Да вот, все правительство разбежалось! Ловим!”
В тот раз никого боевики там не застали. Но спустя полгода они все же свое черное дело осуществили. Ворвавшись во двор и не застав там кенджаевского водителя, они убили всю его семью и вдобавок застрелили соседа-татарина, поинтересовавшегося, что происходит за его забором».
В городе воцарилась анархия. В душанбинских кварталах формировались отряды самообороны, никто ничем не управлял. Кулябцы, решив, что здесь дело проиграно, грузились на машины и уезжали на родину с площади Озоди. Набиев быстро терял сторонников.
Стан «исламско-демократической оппозиции» правящему режиму первоначально состоял из пестрого конгломерата группировок. Крупнейшими движениями были «Демократическая партия Таджикистана» (националисты во главе с Шодмоном Юсуфом из гармского клана), Партия исламского возрождения Таджикистана (ПИВТ) (религиозные радикалы, лидер — Саид Абдулло Нури, тоже выходец из гармского клана) и движение «Растохез», либеральное крыло оппозиции, объединявшее светских диссидентов. По мере развития событий «Растохез» и Демпартия быстро утратили влияние, и бесспорными лидерами стали исламисты из ПИВТ.
Оплотом Набиева оставался Комитет национальной безопасности (КНБ, бывший таджикский КГБ). Силовики прекрасно понимали, что возможность самостоятельно отбиться от оппозиции минимальна. 10 мая офицеры КНБ встретились с командованием армейского душанбинского гарнизона. Так на арену таджикской политики впервые вышла российская армия. 201-я мотострелковая дивизия была расквартирована в нескольких городах Таджикистана, включая столицу. Кроме того, в городе находилось управление пограничной охраны. Пограничники и мотострелки объявили о нейтралитете, но предупредили, что готовы защищать не только себя, но и служащих КНБ. «Безопасники» обратились за помощью как нельзя вовремя. В тот же день толпа оппозиционеров отправилась к зданию КНБ, рассчитывая отыскать там Набиева. Однако их встретили огнем, а с территории гарнизона вышла бронегруппа, прикрывшая здание и дома семей офицеров КНБ.