Тем временем на юге Таджикистана шла бойня. Основой сопротивления исламистам стал кулябский клан. Война шла на взаимное истребление, по выражению местного командира, «без правил и без раненых, пленных не брали». Кулябцы не могли простить Набиеву проявленной слабости и действовали самостоятельно. Поддержку им негласно оказывали части Российской армии.
Полковник ГРУ Александр Мусиенко описывал чудовищный стиль этой войны:
...«…В оба лагеря записывались не столько по убеждениям, сколько по месту жительства и родству, и республика оказалась разделена по родоплеменному принципу. Памирцы, кулябцы, каратегинцы, гиссарцы…
Что там творилось!.. На перевале Шар-Шар мы насчитали тридцать жертв бандитов Мулло Аджика. В одном доме я видел труп двенадцатилетней изнасилованной девочки. На ее щеках и шее были следы от укусов, живот распорот… Рядом с ней в углу лежал еще один мертвый комочек — ее шестилетний брат. В овраге валялся труп их матери со спущенными шароварами… Не забуду гравийный карьер в нескольких километрах южнее Курган-Тюбе, заполненный телами расстрелянных кулябцев, частично обглоданных собаками. Всего там насчитали более трехсот пятидесяти трупов. Вырезали всех подряд, не глядя на пол и возраст, целыми семьями и кишлаками».
Исламисты действовали не только на «линии фронта», но и устраивали теракты в тылу правительственных сил. Так, в конце лета фанатики убили генерального прокурора Таджикистана. В ответ толпы земляков прокурора начали закрывать и даже поджигать мечети.
Душанбе охватила анархия. В городе появились десятки самостоятельных вооруженных отрядов. Местный житель описывал состояние города:
...«Пропал газ, готовили на электроплитке. Потом пропало электричество — и вот мы спускались с 9-этажки, ломали кусты и деревья и готовили на костре ужин. На асфальте в центре города, рядом с такими же.
Перестали ходить троллейбусы, в школу ездили по 1,5 часа на велосипеде.
Работы вообще не было, отчим хватался с переменным успехом за все подряд, лишь бы с голода не погибли. В том числе и работал на 201-ю дивизию — там у них свое хозяйство было, скот и т. п.
На улице могли ограбить с легкостью — меня грабили, когда в магазин шел, маму как-то ограбили, потом вынесли нашу квартиру полностью, когда мы были в гостях — в общем, никому не пожелаешь».
Формальный президент Набиев еще находился в городе, но ничем не управлял и не мог ручаться даже за сохранение собственной жизни. 7 сентября он попытался улететь в родной Ходжент. Однако сохранить инкогнито не удалось, и по дороге в аэропорт президента опознали. Физическую защиту Набиева от толпы обеспечили танки и БТР российских войск, но аэропорт был окружен вооруженными до зубов «оппозиционерами», и улететь просто так Набиев не мог. В здание явились представители Верховного Совета, вынудившие незадачливого деспота официально отречься от престола. Заявление об отставке стало, конечно, чисто символическим актом: Набиев контролировал в Таджикистане ровно столько территории, сколько умещалось у него под подошвами ботинок.
Однако наиболее драматические события происходили в городе Курган-Тюбе на юго-западе страны. Участников митинга — сторонников правительства окружили и расстреляли, и город оказался во власти исламистов. Здесь шла резня не только политических противников, но и узбеков, живших в окраинном поселке Ургут. Люди, искавшие спасения, нашли убежище на позициях 191-го мотострелкового полка Российской армии. Мотострелки создали импровизированный лагерь беженцев. Командир этого полка Евгений Меркулов рассказывал:
...«…поселок, расположенный за воинской частью, стал местом, где пытались найти приют беженцы. Именно сюда пришли из Ургут-махалли около 16 тысяч человек. Мы их разместили в школе № 7, в здании автошколы, областного института усовершенствования учителей… Это как раз произошло в сентябре, когда в городе вовсю хозяйничала оппозиция. Вдруг мне звонит сам Акбаршо Искандарович (глава правительства Таджикистана в 1992 г.): “Отдайте их боевикам, зачем они вам?” Это он о беженцах, среди которых в основном женщины, старики и дети. Я ответил, что не позволю уничтожить мирных людей. Если же они захотят выявить боевиков, то пусть это сделают официально: с представителями МВД, УВД, КНБ и облсовета. Они подло и хитро обманули меня, не допустив представителей КНБ, воинской части к началу операции. Так они выявили около 160 “беженцев”… вывезли их и, как выяснилось потом, расстреляли».
Ночами к забору вокруг военного городка приходили толпы окончательно одичавших экстремистов. Меркулову обещали отрезать голову, убийцы пытались расшатать ограждение и пробраться внутрь. На юге страны развернули антирусскую пропагандистскую кампанию, обвиняя РФ и вообще русских во всех бедах республики.
Тем временем кланы старались создать хотя бы некое подобие вооруженных сил из неорганизованных толп своих сторонников. Кулябская, Ходжентская и Гиссарская группировки действовали разрозненно, скованные скорее ненавистью к противнику, чем теплыми чувствами друг к другу. Россия поддержала «юрчиков» в первую очередь организационно: противникам исламской оппозиции помогали сколотить ополчение, хоть немного напоминающее настоящее войско. Проправительственные силы в конце концов свели в Народный фронт — политическое движение, созданное при активном участии России и конкретно Главного разведывательного управления Генштаба. Новая организация в действительности не имела особых преимуществ перед «вовчиками» с точки зрения морали и этики: в условиях гражданской войны большее насилие чинила победившая сторона, а более или менее гуманных группировок просто не было. Однако «юрчики» по крайней мере не собирались строить царство победившего ислама по рецептам VII века.